Năm 1967, CIA một lần nữa chiêu mộ Rodríguez để đào tạo và lãnh đạo một biệt đội có nhiệm vụ săn lùng Che Guevara, người đang tìm cách lật đổ chế độ do Mỹ hậu thuẫn ở Bolivia và thay thế bằng một chính quyền cộng sản.[5]

Bức ảnh cuối cùng chụp Guevara còn sống cho thấy khi đó Rodriguez đứng bên cạnh Guevara, nhưng Dino Brugioni, một cựu sĩ quan cấp cao của Trung tâm Phân tích Hình ảnh Quốc gia (NPIC) của CIA, cho rằng đó là ảnh ghép.[6][7]